Кабинет министров Украины предоставил в пользование НМТП ряд водных ресурсов. Об этом идет речь в постановлении Кабмина N 934 от 22 октября 2008 года Про надання акваторії у користування державному підприємству "Миколаївський морський торговельний порт"
Согласно данному постановлению и дополнениям к нему "Николаевскому морскому торговому порту" в пользование передается:
водное пространство реки Южный Буг, ограниченное береговой линией, линией границ причалов;
водное пространство тринадцатого колена Бугско-Днипровского-Лиманского канала (подходной канал порта) и первого колена канала акватории порта Николаев;
водное пространство территориального моря в районе банки Трутаева для отстоя судов, которые следуют в порт, и проведения грузовых работ;
водное пространство территориального моря (акватория приписанного портового пункта Очаков), ограниченное береговыми гидротехническими сооружениями;
акваторию подходного канала портового пункта Очаков шириной 200 метров и охранную зону 100 метров от бровок канала;
акваторию портового пункта Очаков;
акваторию Очаковского канала шириной 100 метров и охранную зону 100 метров от бровок канала.
Согласно данного постановления, Кабинет Министров Украины запрещает в дальнейшем передачу отмеченного водного пространства другим субъектам. А также "Николаевский морской торговый порт" будет заниматься обеспечением безопасности мореходства в пределах данных акваторий.